西表島へつながる海は、遠浅で、満潮でも1メートルほどしかないので、水牛車で海を渡ってゆくのが名物となっている。由布島は、周囲2.15キロメートル、海抜1.5メートルの小さな島。島の広さは約4万坪、島全体が砂によってできており、深さ1.5メートル以内を掘れば、真水が湧き、それ以上掘ると海水が湧きだします。

4万本近くのヤシ類を中心に亜熱帯の樹木や花々が生い茂っており、東海岸はビーチ、西側は西表島まで続く浅瀬にマングローブが茂る。